Сегодня в структуру КузГТУ входят более 20 научных лабораторий. В составе университета плодотворно работают 15 научных и экспертных центров, в том числе недавно созданные Центр промышленной робототехники и Инжиниринговый центр промышленной, геодинамической и информационной безопасности.
Организационно-техническое сопровождение при заключении договоров с организациями на выполнение научно-исследовательских работ или создание научно-технической продукции, координацию и интеграцию усилий структур и сотрудников КузГТУ по разработке совместных крупных проектов, участие в подготовке заявок по ним осуществляет Центр организации и сопровождения НИОКТР.
Значимую роль в научно-исследовательской деятельности вуза играют малые инновационные предприятия.
Научно-педагогические работники КузГТУ принимают активное участие в национальных проектах и федеральных целевых программах по развитию научного потенциала страны. Важным является участие университета в национальном проекте «Наука».
Среди приоритетных направлений развития научно-исследовательской и инновационной деятельности университета: современные технологии и оборудование извлечения угля; углехимия и глубокая переработка угля; техногенная и экологическая безопасность угледобывающих районов; горное машиностроение, роботизация и автоматизация угледобычи.
К настоящему моменту в университете сложились 9 научных школ, действуют два диссертационных совета.